خفاش الفاكهة المصرية لونه بني غامق أو بني مائل للرمادي، السطح السفلي للجسم أكثر شحوباً من ظهوه، أصابعه طويلة، ويمتد جناحه إلأى حوالي 60 سم. ووزنه 80-170 جم.
طول الجسم 15 سم. الذكور أكبر من الإناث ويمكن تمييزها بسهولة عن طريق الصفن (وعاء الخصيتين) الكبير وخيوط الشعر البارزة والقاسية حول الحلق.
الخفافيش البالغة لديهم ما مجموعه 34 سناً.
الفراء على جسمها قصير نسبياً ويتكون من خيوط ناعمة وملساء.
يتدرج لون الفراء على ظهره من البني الغامق إلى الرمادي المائل للبني، في حين أن اللون على الجانب السفلي منه بني شاحب مع طوق بني مائل للصفرة حول رقبته.
أجنحته ذات لون بني أغمق من جسمها وتلتصق أغشية الجناح بالرجل عند إصبع القدم الأول.
الذكور والإناث لديهم نفس اللون.
يتكيف الخفاش جيداً مع الرؤية في الإضاءة المنخفضة ويمتلك حاسة شم متطورة للغاية.
يُشتبه في أنه خزان للعديد من الأمراض التي تصيب الإنسان. يُفترض أنه يمكن أن ينشر فيروس ماربورغ Marburg إلى أنواع معينة من خلال ملامسة إفرازات مصابة. يمكن أن يكون التعرض لذرق الطائر (فضلات الطيور البحرية) طريقاً لانتقاله إلى البشر.